Beyond dairy: Identification of dental enamel proteins in ancient human dental calculus
该研究通过分析 434 名个体的古代牙结石样本，首次证实了牙釉质基质蛋白（如釉原蛋白）存在于牙结石中，不仅拓展了牙结石作为古生物分子档案的应用范围，还为古人类性别鉴定提供了新途径。
📄 Category
evolutionary biology
460 篇论文
Tracing mobility among Eneolithic-Bronze Age Kurgan populations in the North Pontic steppe
该研究通过整合锶同位素基线调查、碳氮稳定同位素分析以及已发表数据，首次构建了公元前 4450 至 2100 年北黑海草原的锶同位素热力图，揭示了铜石并用时代至青铜时代游牧人群在该区域内部及东西部之间的复杂迁徙模式。
Domestic dog introgression in Australian dingoes: environmental drivers and evolutionary consequences
该研究通过分析澳大利亚野犬与家犬的高密度 SNP 数据，揭示了人类活动足迹和气候变量是驱动杂交的主要环境因素，并发现杂交既包含受正选择驱动的适应性基因渗入（如嗅觉受体基因），也包含受净化选择清除的有害变异，从而阐明了人类影响、局部适应与基因渗入在野犬进化中的复杂相互作用。
Genomebook: Mendelian inheritance as a structured parameterisation layer for LLM agent populations
本文提出了名为 Genomebook 的进化系统，通过引入基于孟德尔遗传的 26 种行为性状参数化层，证明了在大型语言模型（LLM）代理群体中，结构化且可遗传的遗传架构能够有效驱动受选择压力影响的行为演化，从而克服传统克隆部署缺乏可遗传变异的局限。
Vertical inheritance and loss-driven evolution of secretion systems in the bee gut microbiota
该研究通过比较基因组学和共系统发育分析揭示，蜜蜂肠道微生物中的分泌系统主要通过垂直遗传和反复基因丢失进行演化，而非水平基因转移，且其存在主要服务于细菌间的相互作用而非宿主特异性适应。
Inferring the multi-host fitness landscape of endive necrotic mosaic virus from cross-inoculation experiments
该研究提出了一种基于贝叶斯框架和费舍尔几何模型的统计方法，通过分析菊苣坏死花叶病毒在五种菊科宿主上的交叉接种实验数据，成功推断出揭示宿主许可性异质性与系统发育关系的跨宿主适应性景观。
Diatom Endosymbionts have Shrinking but Stable Genomes Despite Low Coding Density
该研究通过对硅藻内共生体（球状体）基因组的大规模分析，揭示了其虽处于早期基因组缩减阶段且编码密度较低，但已丧失移动元件并展现出独特的基因选择模式，包括核心固氮基因受正选择以及宿主可能通过缺失关键基因（如*mltA*和*dnaA*）来控制共生体分裂。
Ineffectual Genomic Error Correction Under Environmental Perturbation Dynamically Regulates Mutational Supply and Robustness
该研究提出，环境扰动通过改变动力学校对机制的最优驱动速率，动态调节复制错误率，从而在突变供给与生存稳健性之间建立权衡，为间断平衡、近中性进化及种群规模与基因长度对进化适应的制约提供了分子机制解释。
Additive Channels in Curved Fitness Landscapes
本文提出了“加性通道”概念及“加性指数”诊断工具，用以解释为何在存在基因互作和弯曲适应度景观的情况下，加性遗传模型仍能准确预测进化变化，并探讨了维持或脱离此类区域的动力学条件。
Adaptive receptor expression and the emergence of disease as loss of signaling homeostasis
该研究提出适应性受体表达是维持生理稳态的关键补偿机制，通过模拟发现该系统虽能抵御振荡干扰，却在慢性压力下失效，从而将复杂慢性疾病重新定义为补偿机制崩溃导致的稳态丧失。
Using a simplified Rough Mount Fuji model to disentangle how multi-peaked fitness landscapes can be highly navigable
该研究通过简化的粗糙富士山模型和数学近似，揭示了低峰跃迁概率、高适应度梯度引导以及包含大量峰值的低至中等适应度区域这三个关键特征，足以解释为何在具有多峰值的复杂适应度景观中，适应性进化路径仍能高效地抵达顶级峰值。
Ancestral state reconstruction with discrete characters using deep learning
该研究通过修改深度学习软件 phyddle 来执行离散性状的祖先状态重建，评估了其在不同模型和树规模下的表现，发现其在简单模型下与贝叶斯推断结果相似，但在树规模增大或模型复杂时差异增加，并成功将其应用于利马乌斯属亚支系地理分布及 2014 年埃博拉病毒爆发地点的实证分析。
Heterosis in crosses between remnant populations of a rare prairie forb: implications for restoration genetics
该研究通过在温室和野外常见花园中评估三种稀有草原草本植物残留种群间杂交的杂种优势，发现跨种群杂交在野外条件下能显著提升累积适合度，从而支持在生态恢复中采用区域混合种源策略。
Dosage compensation and meiotic sex chromosome inactivation are maintained in the absence of selection
该研究表明，在经历三次独立孤雌生殖转变且雄性选择压力松弛的竹节虫中，剂量补偿和减数分裂性染色体失活（MSCI）机制在数百万年的进化过程中依然高度稳定并得以维持，甚至表现出比有性生殖雄性更强的 MSCI 特征。
Meta-analysis reveals the tempo of evolutionary parallelism of local adaptation between native and introduced ranges of plant species
该研究通过扩展夹带理论并开展荟萃分析，揭示了植物物种在引入地和本土分布区之间局部适应的进化平行性随引入时间推移而显著增强，且这种平行性主要源于夹带变化方向的一致性而非幅度差异，从而支持了引入地夹带先由遗传漂变形成、后受自然选择驱动而趋同于本土模式的“两阶段”演化假说。
Phylogenetics, trait covariance analysis, and the evolution of fin and body shape in the surgeonfishes
该研究通过一种结合系统发育信号的新方法，分析了刺尾鱼科（Acanthuridae）的形态演化，揭示了其头体形状与食性生态型的显著关联、尾鳍与胸鳍形状间的运动权衡，以及尾鳍在驱动整体形态整合中的核心作用。
Parental rejection is associated with extended lifespan in owl monkeys in captivity
这项针对圈养夜猴的研究发现，尽管弃养行为通常导致幼崽死亡，但实施弃养的亲代及其被妥善抚养的幸存后代均表现出显著延长的寿命，且亲代的长寿优势主要出现在其繁殖生涯的中后期。
Assembling a fully-dated complete tree of life
该研究通过开发线性扩展的新型时间插值算法，克服了计算瓶颈，成功构建了包含 230 万现存物种的完整时间标度生命之树，从而极大地扩展了系统发育分析的范围并提供了更稳健的多样性估计。
Phenotypic plasticity evolved for climate variability constrains performance under climate warming
该研究表明，为应对季节性气候波动而进化出的高表型可塑性在变暖环境中往往与生长表现呈中性或负相关，导致适应温暖气候的可塑性较低物种在气候变暖下更具适应优势。
The effect of chronic, latent Toxoplasma gondii infection on human behavior: Testing the parasite manipulation hypothesis in humans
该研究通过调查 68 名参与者的弓形虫感染状态及其对猫的态度、行为和催产素水平，发现尽管样本量不足导致统计效力受限，但感染潜伏期弓形虫的个体在自我报告和实际行为中均表现出对猫更强的喜爱，从而初步支持了该寄生虫可能通过改变人类行为以促进其终宿主（猫）适应度的操纵假说。