evolutionary biology 篇论文

进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。

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下方为您呈现近期在进化生物学领域发布的最新研究论文。

这项研究表明，在小鼠体内，遗传因素与母体环境效应共同作用以塑造适应性体型变异，其中母体条件通过与营养信号传导相关的反式作用基因表达变化显著影响早期生长，而遗传分化则由顺式调节位点驱动。

本研究利用多细胞器数据集建立了黄绿色藻（Xanthophyceae）的稳健系统发育基因组学框架，揭示了该谱系中多细胞性的独立演化始终与从多种自生孢子型（autospore-type）繁殖体向单一单孢子型（monospore-type）和休眠孢子型（akinete-type）繁殖体的转变相关联。

通过对119只灰海豹进行全基因组测序，本研究揭示了波罗的海和北大西洋亚种在大约10,000年前由于历史性狩猎导致的隔离以及对环境差异的局部适应而发生分化，但由于近期的种群恢复，它们现在正经历着由重新接触、杂交和改变的基因流所驱动的过程。

这项研究通过揭示在阿斯加德古菌中广泛存在源自细菌的功能性第二类CCA添加酶，推翻了长期以来认为古菌仅拥有第一类CCA添加酶的教条，从而为真核生物发生之前细菌基因向真核谱系的早期整合提供了分子证据。

本研究表明，在菜薹（*Brassica rapa*）中，花粉沉积后花粉管与雌蕊组织之间的物理相互作用介导了隐性雌性选择，通过使植物能够根据花粉管生长轨迹将受精成功率向特定供体倾斜来实现这一过程。

通过在酵母中进行实验进化，研究人员证明了集体层面的选择能够驱动一个新的进化个体的出现，其方式是迫使独立的复制体重组为稳定的嵌合质粒，从而使遗传成为选择的衍生结果而非其前提条件。

这项研究表明，哺乳动物促炎受体 TREM-1 经历了由病原体驱动的快速正向选择，特别是在灵长类、啮齿类和蝙蝠中，从而导致了可能改变其对宿主及微生物配体识别能力的结构变异。

通过将定量遗传模型与生态-进化反馈相结合，本研究表明，在渐进式环境变化下，种群存续表现出双稳态特征，这意味着即使变化速率低于临界值，如果初始种群规模和遗传方差不足以克服瞬态动态，灭绝仍可能发生。

本文介绍了 HiDenSeq，这是一种利用深度测序来解析跨越四个数量级的适应统计数据的 DNA 条形码化 Luria-Delbrück 检测方法，从而能够直接量化并区分进化群体中如突变体等不同适应机制及诱导突变。

ProtFinder 是一种新型的基于迁移学习的机器学习框架，在处理真实数据集时，其在选择蛋白质替换模型、速率异质性模型和频率模型方面的准确性和速度均显著优于现有方法。